Colin (Duris), facoltoso parigino, si innamora della graziosa Chloé (Tautou), incarnazione di una canzone di Duke Ellington. I due convolano presto a nozze, ma durante la luna di miele una ninfea inizia a crescere nei polmoni della ragazza, mettendola in serio pericolo. L'unico modo per mantenerla in vita sarà circondarla di fiori freschi e l'uomo, disposto a tutto pur di salvarla, finirà così sul lastrico. Mood Indigo è una storia d'amore poetica, dolce ma tragica, di luce e ombra, raccontata con leggerezza visionaria e un po' nostalgica sulle note del jazz di Ellington, in cui il regista dà ancora una volta prova della sua grande immaginazione e di riuscire a trascinare lo spettatore in un mondo magico, ai limiti del surreale, ma senza per questo risultare stucchevole o inverosimile.