In Men in Black™ 3, gli Agenti J (Will Smith) e K (Tommy Lee Jones) sono tornati… giusto in tempo. Durante i suoi 15 anni di carriera con i "Men in Black", J è stato testimone di eventi inverosimili ma nulla, neanche gli alieni, lo preoccupano più del suo partner, diventato reticente e scontroso. Quando la vita di K ed il destino del pianeta sono in grave pericolo, J dovrà viaggiare a ritroso nel tempo per rettificare le cose. Scopre così che K non lo aveva messo a conoscenza di alcuni segreti dell'universo - segreti che si sveleranno uno ad uno, mentre lui stesso si allea con il Giovane Agente K (Josh Brolin) per salvare il partner, l'agenzia e il futuro dell'umanità.