Quando un aereo precipita in mare, i delfini salvano un bambino e lo crescono come una famiglia. Il ragazzo, Blu, vive una vita spensierata sotto le onde assieme all'inseparabile delfino Flippy, fino a quando un mostro malvagio prende il potere sul mondo sottomarino. Il ragazzo viene esiliato sulla terraferma, dove un capitano dal cuore gentile lo accoglie. Con l’aiuto del capitano, il ragazzo intraprende un viaggio per risolvere il mistero della sua vera identità.