Toby Jones ha vinto un London Critics Circle Film Award per la sua interpretazione del
leggendario autore Truman Capote in "Infamous - una pessima reputazione" di Douglas McGrath. Ha ricevuto da allora altre nomination dal Circle per le sue interpretazioni ne "Il velo dipinto" di John Curran e, in tandem, "W." di Oliver Stone e "Frost/Nixon - il duello" di Ron Howard. Negli ultimi due film ha ancora rappresentato due figure reali, rispettivamente il politicante Karl Rove e l'agente Irving 'Swifty' Lazar. Inoltre, per "Frost/Nixon - il duello", ha ottenuto insieme agli altri attori del cast una candidatura al Screen Actors Guild Award per Migliore Interpretazione di un Cast in un Film.
Milioni di spettatori lo hanno seguito al cinema nella sua interpretazione dell'eroico elfo Dobby in "Harry Potter e la camera dei segreti", diretto da Chris Columbus, e "Harry Potter e i doni della morte parte 1", diretto da David Yates. Sempre con interpretazioni in film motioncapture, lo si è visto nel ruolo di Silk nel film di Steven Spielberg "Le avventure di Tintin: il segreto del liocorno", adattato dal classico in fumetti di
Hergé.
Gli altri titoli in cui Toby Jones appare comprendono il film di Simon Curtis "Marilyn", nel quale interpreta l'agente pubblicitario di Marilyn Monroe Arthur Jacobs, il film di Rodrigo Cortés "Red Lights" accanto a Robert De Niro, "Berberian Sound Studio" di Peter Strickland, "Captain America: il primo vendicatore" di Joe Johnston, "Sua Maestà" di David Gordon Green, "Virginia" di Dustin Lance Black, "Creation" di Jon Amiel, "Ember - il mistero della città di luce" di Gil Kenan, "The Mist" di Frank Darabont, "Nightwatching" di Peter Greenaway, "Amazing Grace" di Michael Apted, "Lady Henderson presenta" di Stephen Frears, "Neverland- un sogno per la vita" di Marc Forster, "Biancaneve e il cacciatore" di Rupert Sanders con Kristen Stewart e "The Hunger Games", diretto da Gary Ross.
In televisione, ha lavorato al fianco di Helen Mirren nella premiata miniserie 'Elizabeth I' di Tom Hooper. Le altre miniserie e telefilm a cui ha partecipato includono 'Victoria & Albert' di John Erman, "The Old Curiosity Shop" di Brian Percival, dove ha il ruolo di Mr. Quilp di Charles Dickens e "Christopher and His Kind" di Geoffrey Sax. Ha anche partecipato alla miniserie 'Titanic'.
Toby Jones ha vinto un Olivier Award per la sua performance nella commedia del West End intitolata "The Play What I Wrote", per la regia di Kenneth Branagh. Il suo lavoro al West End di Londra include anche l'allestimento a cura di Simon McBurney di "Misura per misura". All'inizio del 2011, ha recitato nel ruolo del celebrato artista JMW Turner in
"The Painter", che ha inaugurato il nuovo teatro inglese Arcola Theatre.