Michael Fassbender è cresciuto a Killarney, in Irlanda. All 'inizio della sua carriera ha lavorato in televisione prendendo parte, fra l'altro, all' epica serie Band of Brothers prodotta da Steven Spielberg/Tom Hanks. Fra gli altri titoli televisivi ricordiamo: Gunpowder, Treason and Plot e la serie in quattro parti The Devil's Whore di Marc Munden per Channel 4.
Da allora Fassbender ha interpretato film di generi diversi fra cui 300 di Zack Snyder Eden Lake di James Watkins, Angel di Francois Ozon, Centurion di Neil Marshall and Jonah Hex di Jimmy Hayward.
La sua interpretazione finora più apprezzata è stata il suo ritratto di Bobby Sands nel primo film di Steve McQueen, Hunger, premiato con la Camera d'Or at Cannes, che ha fatto vincere a Fassbender il premio come Miglior Attore Protagonista ai British Independent Film Awards. Fassbender e McQueen hanno proseguito la loro collaborazione in Shame, le cui riprese si sono concluse a New York nel Marzo 2011. Nel 2008, Fassbender è stato protagonista di Fish Tank di Andrea Arnold, che poi ha ricevuto il Premio della Giuria al Festival di Cannes, oltre che di Inglourious Basterds di Quentin Tarantino al fianco di Brad Pitt, Til Schweiger e Mike Myers.
Fassbender apparirà prossimamente in Haywire di Steven Soderbergh, Jane Eyre di Cary Fukunagai nel ruolo di Mr. Rochester al fianco di Mia Wasikowska, e come protagonista in Shame di Steve McQueen al fianco di Carey Mulligan, e in X-Men: L'inizio di Matthew Vaughn nel ruolo di Magneto. Al momento sta girando Prometheus di Ridley Scott .