Jonathan Rhys Meyers si è guadagnato l'attenzione internazionale e un London Film Critics Circle Award per il suo ruolo nel film di Todd Haynes, Velvet Goldmine con Ewan McGregor, Christian Bale e Toni Collette. In seguito, ha vinto un Golden Globe Award per la sua interpretazione nella miniserie televisiva della CBS Elvis e ha ricevuto un ulteriore riconoscimento con la seconda nomination al Golden Globe per il ruolo di Enrico VIII in The Tudors. Continua ad interpretare ruoli da protagonista al fianco degli attori e dei registi più celebri del momento, ed è diventato uno degli attori più richiesti di Hollywood. Nel film Belle Du Seigneur, recita accanto a Natalia Vodianova nell'adattamento in lingua inglese del romanzo epico dello scrittore svizzero Albert Cohen, che racconta la storia d'amore tormentata tra un ufficiale ebreo di alto rango e la moglie protestante di uno dei suoi sottoposti. Il suo ultimo lavoro per il grande schermo è stato il thriller psicologico Shelter (Shelter - Identità paranormali) accanto a Julianne Moore, diretto dai registi svedesi Mans Marlind e Bjorn Stein. Nel film è un uomo con personalità multiple e la Moore è la sua psichiatra. Ha lavorato anche nel film From Paris With Love insieme a John Travolta. Il film parla di un giovane dipendente dell'ambasciata (Rhys Meyers) e di un agente dei servizi segreti americani (Travolta) i cui destini si incrociano mentre lavorano in una missione ad alto rischio a Parigi. Il film, diretto da Pierre Morel, ha incassato 23,7 milioni di dollari a livello internazionale. Nel 2010 ha interpretato per l'ultima volta Enrico VIII nella quarta e ultima stagione della serie originale di Showtime The Tudors. La serie gli è valsa due nomination ai Golden Globe per la sua interpretazione del re.
Ha lavorato al film The Children Of Huang Shi, diretto da Roger Spottiswoode. Il film si svolge nella Cina degli anni '30 devastata dalla guerra ed è interpretato da Michelle Yeoh, Chow Yun Fat e Radha Mitchell. Ha dimostrato di avere grande talento nel film sentimentale August Rush (La musica nel cuore) diretto da Kirsten Sheridan.
L'attore ha lavorato al sequel del film d'azione campione di incassi Mission Impossibile III al fianco di Tom Cruise, Laurence Fishburne e Phillip Seymour Hoffmann con la regia di J.J. Abrams. Ha ricevuto critiche positive per il suo ruolo nel film di Woody Allen, Match Point, interpretato anche da Scarlett Johansson, e presentato al Festival di Cannes nel 2005; per il suo ruolo nel film l'attore ha vinto lo Chopard Trophy come attore rivelazione maschile. Rhys Meyers è famoso anche per il ruolo dell'allenatore di calcio femminile nel film rivelazione e vincitore di molti premi Bend It Like Beckham (Sognando Beckham), nel quale recita accanto a Keira Knightley.
Tra gli altri crediti di Rhys Meyers troviamo il film epico di Oliver Stone Alexander, con Colin Farrell e Angelina Jolie; e Vanity Fair (La fiera della vanità) di Mira Nair, con Reese Witherspoon. Per il piccolo schermo, ha partecipato a molti progetti di lunga durata, sia negli Usa che in Gran Bretagna. Tra i suoi crediti per la televisione troviamo la versione di The Lion in Winter con Patrick Stewart e Glenn Close, The Magnificent Ambersons di Alfonso Arau, Gormenghast, The Tribe e Samson and Delilah.
Nato a Dublino, in Irlanda, ha debuttato nel cinema con A Man Of No Importance (Un uomo senza importanza); in seguito ha interpretato un giovane assassino nel film biografico di Neil Jordan Michael Collins. Tra i suoi lavori per il cinema troviamo inoltre The Maker (Scelte pericolose), Telling Lies In America (Telling Lies In America - Un mito da infrangere), con Kevin Bacon; The Governess (La governante), a fianco di Minnie Driver; il thriller B. Monkey (B. Monkey - Una donna da salvare); The Loss Of Sexual Innocence (La perdita dell'innocenza) di Mike Figgis; il western Ride With The Devil (Cavalcando con il diavolo) di Ang Lee; Titus di Julie Taymor, con Anthony Hopkins e Jessica Lange; Prozac Nation, a fianco di Christina Ricci; The Tesseract; il film drammatico I'll Sleep When I'm Dead, con Clive Owen e Charlotte Rampling; e The Emperor's Wife (The secret wing). Rhys Meyers vive tra Los Angeles e l'Irlanda.